Постановлением Совета Министров Республики Беларусь № 618 от 14 сентября 1993 года Новополоцкий политехнический институт был преобразован в Полоцкий государственный университет. Декларированная в названии учебного заведения принадлежность к Полоцкой земле неслучайна. Полоцк издавна являлся крупнейшим образовательным и культурным центром на территории Беларуси. В городе сохранились здания бывшего иезуитского коллегиума (академии), что отражено на геральдическом знаке и флаге университета как наследника образовательных традиций Полоцкой земли, берущих свое начало с 1581 года. Приказом Министерства образования Республики Беларусь ректором Полоцкого государственного университета был утвержден  доктор технических наук, профессор Э.М. Бабенко.

В связи с преобразованием института в университет произошли значительные изменения в структуре учебного заведения. На пути превращения ПГУ в европейский университет классического типа были созданы юридический и историко-филологический факультеты. Также были открыты новые специальности в аспирантуре и созданы три специализированных совета по защите диссертаций. Значительно увеличился объем научно-исследовательских и конструкторских работ, патентов и научных публикаций. Полоцкий государственный университет стал головной организацией по реализации региональной инновационной программы Витебской области.

Быстрыми темпами развивалась международная деятельность Полоцкого государственного университета. На конкурсной основе ПГУ выиграл гранты и осуществил целый ряд крупных образовательных проектов с университетами Германии, Великобритании, Швеции, Италии, Испании. В результате был использован европейский опыт организации магистратуры, студенческих центров самоуправления и т.д. 

Динамичное развитие Новополоцкого политехнического института, а затем Полоцкого государственного университета позволяло ставить новые высокие цели. Еще с начала 90-х гг. руководство НПИ, власти города Полоцка, деятели науки и культуры Беларуси и Полотчины стали поднимать вопрос о передаче институту комплекса зданий бывшего Полоцкого иезуитского коллегиума, где в то время размещался военный госпиталь. После создания Полоцкого государственного университета дело сдвинулось с мертвой точки.

18 октября 1993 г. в Постановлении Совета Министров Республики Беларусь «О мерах по дальнейшему развитию Полоцка и сохранению его культурно-исторического наследия» было дано поручение Витебскому областному исполнительному комитету совместно с Белорусским военным округом рассмотреть вопрос об освобождении зданий бывшего Полоцкого иезуитского коллегиума для передачи его историко-филологическому факультету ПГУ.

Реализация Постановления столкнулась с многочисленными препятствиями. Тем не менее, настойчивость и энергия руководства университета позволили достичь поставленной цели. Согласно Протоколу Поручений Президента Республики Беларусь А.Г. Лукашенко, которые были даны во время посещения ряда предприятий и учреждений Полоцка и Новополоцка 1 сентября 2001 г., Министерство обороны передало комплекс зданий иезуитского коллегиума и кадетского корпуса Полоцкому государственному университету. В феврале 2003 г. прошла торжественная передача исторических зданий. Таким образом, преподаватели и студенты ПГУ стали хозяевами одного из самых старых университетских городков на постсоветском пространстве и старейшего – в Беларуси. Сейчас в нем размещаются гуманитарный факультет и факультет информационных технологий.

Поскольку полученные университетом здания находились в плачевном состоянии, потребовались значительные работы по их восстановлению и реконструкции, а также благоустройство прилегающей территории. До начала 2005/2006 учебного года большая часть зданий Полоцкого коллегиума была готова к приему студентов и преподавателей. Кроме учебных аудиторий в корпусах разместился филиал Научной библиотеки университета, в который вошли медиацентр, компьютеризированный читальный зал и Шведский культурный центр. Со временем в реконструированных зданиях Полоцкого коллегиума появился замечательный концертный зал, столовая (два зала). После завершения реконструкции бывшего хозяйственного корпуса был открыт Спортивно-досуговый центр, на первом этаже которого размещены тренажерный и спортивный залы, а на втором – большой дискозал.

С каждым годом становится краше территория, прилегающая к корпусам Полоцкого коллегиума. В ноябре 2010 г. у входа в университетский двор появилась скульптура студента ренессансной эпохи, которая символизирует давнюю историю образования на Полоцкой земле. В мае 2017 г. у стен коллегиума появилась еще одна скульптурная композиция. Бронзовый «Прафесар Полацкай акадэміі» воплощает образ мудрого наставника, несущего свет знаний и прививающего молодому поколению любовь к истине.

Излюбленным местом студентов, преподавателей и гостей университета, а также многочисленных туристов стал уютный внутренний дворик Полоцкого коллегиума. В мае 2011 г., по случаю празднования Дня университета в нем состоялось торжественное открытие музыкальных часов с академическим шествием. Идея создания этого замечательного объекта была навеяна часами Ягеллонского университета в Кракове и знаменитыми астрономическими часами на Староместской площади в Праге. Каждый час под студенческий гимн «Gaudeamus» и официальный гимн ПГУ из ниш, размещенных под циферблатом, появляются фигурки замечательных просветителей Полоцкой земли, среди которых преподобная Евфросиния Полоцкая, первопечатник Франциск Скорина и первый ректор Полоцкого коллегиума Петр Скарга.

В мае 2012 г. ПГУ преподнес себе, полочанам и гостям древнего города еще один ценный подарок. Во внутреннем дворике был восстановлен колодец, существовавший в Полоцком коллегиуме со второй половины XVIII в. Его дно находилось примерно на одном уровне с дном Западной Двины (27-28 метров), что позволяло обеспечивать коллегиум водой даже в самые засушливые месяцы. Восстановленный колодец был торжественно открыт в присутствии Президента Республики Беларусь А.Г. Лукашенко.

В мае 2014 г. во внутреннем дворике был реализован арт-проект «Изобразительное искусство в истории Полоцкого коллегиума», призванный восстановить некогда утерянный культурный код Полоцкой земли и воссоздать на территории коллегиума визуально-эстетический ряд, который был характерен для образовательного процесса XVIII – первой половины XIX века. Сегодня репродукции картин известных художников вместе с часами и колодцем являются подлинным украшением университетского комплекса в Полоцке.

Красота и величие зданий Полоцкого коллегиума, уютный внутренний дворик с колодцем и часами, сводчатые потолки и просторные коридоры, словно в машине времени переносят на несколько столетий назад. Визуализировать это прошлое и представить его героев помогает зал исторического костюма, открытый в 2014 г. Посетители получают возможность не только увидеть, как выглядели представители разных периодов в истории Полоцкого коллегиума, но и также познакомиться с ее важнейшими событиями от времен Стефана Батория и Петра Скарги и до наших дней.

В 2015 г. в Полоцком коллегиуме появилась еще одна достопримечательность. Ко Дню университета было приурочено торжественное открытие копии «Механической головы»  Габриэля Грубера. Голова Мудрого старца и сегодня способна отвечать на любые вопросы, задаваемые на двух государственных, белорусском и русском, и основных европейских языках, а также на латыни, но выполнена из силикона и приводится в движение современной микроконтроллерной системой управления.

Колоссальная работа ученых, строителей и реставраторов, которые сохранили и вернули к жизни многие памятники архитектуры и истории, создали новые объекты, стало основой для продолжения старых и зарождения новых традиций образования на Полоцкой земле.

В последние годы меняется облик корпусов ПГУ и в Новополоцке. Современные аудитории и лаборатории, продуманные интерьеры и удобные рекреации формируют безопасную, здоровьесберегающую, функционально и эстетически полноценную среду для работы и отдыха студентов и преподавателей. На новополоцкой площадке университета находят свое продолжение творческие идеи, заложенные в возрожденном Полоцком коллегиуме. Так в 2011 г. бронзовая скульптура современной студентки украсила фойе главного университетского корпуса, а в 2014 г. на фасаде химического корпуса появились часы «Времена года», циферблат которых в зависимости от сезона меняет цвет. Облагораживается территория, прилегающая к корпусам университета. В ноябре 2017 года у его стен была торжественно открыта скульптурная композиция «ГіПар», представляющая собой гиперболический параболоид двойной кривизны Гаусса.

Стремительное обновление материальной базы Полоцкого государственного университета в начале XXI века нашло свое логическое продолжение в появлении еще одной его образовательной площадки – современнейшего учебно-лабораторного корпуса в поселке Междуречье. В феврале 2016 г. в живописном пригороде Новополоцка приступили к занятиям студенты специальностей «Физическая культура» и «Правоведение». А уже в апреле того же года на базе юридического факультета в Междуречье был открыт первый в Республике Беларусь региональный учебно-научно-практический Юридический центр.